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江戸時代幕府は，農業の保護を重視した。明治，大正時代までの牛馬耕と堆厩肥時代のわが国農業の基礎は，この時代に培養されたものである。
幕府は，慶長19年（1614）嶺岡牧場を直轄とし，享保14年（1729）これを整備した。（この牧場は，明治元年（1868）官有となり，翌２年（1869）皇室の御料牧場となった。）
幕府は，諸藩の馬産，とくに藩直営の馬牧の創設については，これを届出制として牽制したが，農用牛馬とくに牛については，その飼養を積極的に奨励した。
諸藩においても，牛銀の貸付制度を，おもな施策とし，また，藩有林野の農民への開放などを行った。
牛銀の貸付をおもな施策としていたが，岡山藩では，宝永３年（1706），百姓の持牛の少ない上道郡中尾村（現岡山市）へ牛銀貸付の代わりに牛の現物７頭を貸付している。岡山藩では文武のころ（1818〜29）興除新田の農民が，領主から無利子10年賦の牛銀を借用している。
このように牛銀による牛の購入補助，藩有牛貸付などの施策を実施しても，なお，牛の頭数の減少を阻止てきなかっので，岡山藩では，元治元年（1681）牛の他領売りを禁じた。
備中松山藩では，明和５年（1771）八田部村に強訴があったが，その中の１カ条に「牛銀拝借の事」があった。
備中北部では，牧場に柵のない夏秋の立毛中は，放牧を禁止した。天正のころ（1587−91）備中吉川領では，放牧牛が作毛を損じたときの損害賠償について，領主が規定していた。
岡山城主池田忠継の時代（1603−15）吉備津宮の社辺に牛の放置を禁じ，また，上道郡西明寺満願寺等に禁榜を掲げ，林木山内などへ牛馬を放つことを禁じ，林木の伐採を禁じて山林を保護したところ，牧野にまで樹木が繁茂して，牛馬を飼養する農家が困惑した。
岡山藩主池田光政（1632−72）は，牛馬入会放牧採草地が，森林政策や特権階級の狩猟区と競合して，農家の牛飼養が困難になるのを阻止するため，明暦２年（1656）野山，牛飼い場，入会い山にある木を処分して，その跡地を植林しないよう指示した。このようにしても，なお，18世紀以後も牛飼い場は縮小し続けた。
岡山藩主は，享保年間（1716−32），備中下道郡久代村（現総社市）の１馬喰が，馬の買い出しに功労があった故をもって，毎年３人扶持を与えた。また，藩牧を許可して，馬の生産に努め，馬の国外持ち出しを禁じ，備前一宮馬市を保護して，他領からの馬の購入を図った。しかし，幕末多端のころ，馬数は僅か400頭にも及ばなかった。
津山藩ては，享保年間（1716−32），江戸の官牧から年々数頭の雄馬を購入して，作州地方の馬の改良を図り，雌馬を民間に委託飼育させるなど産馬改良に努めた。
牛馬改めは，初め軍役などの必要から行われたものであるが，近世中期以降になると，国外移出入を規制し，また，直接徴税の対象として捉えるようになった。諸藩において農民が，牛馬に対する重税に苦しんで，牛馬を手放した様子が，備中松山藩において，天和３年（1683）『吟味講覚書』に見られる。